Skim

　以前から論文のPDFにコメントを入れたり線を引いたりするようなソフトウェアが欲しかったのですが、ようやっと見つけました。このソフトウェアを使うと下図のようにコメントなどを加えることができます。コメントや図形は後で追加や削除もできます。ただし追加したコメントや図形は直接PDFに埋め込まれて保存されるのではなく、PDFファイルと同じフォルダに「PDFのファイル名.skim」というファイルが作られ、その中に保存されるようです。ですが、コメントや図形をPDFに埋め込んだPDFファイルとして出力することも可能なので問題ありません。スバラシイ！
公式サイト：http://skim-app.sourceforge.net/
（Mac OS 10.4以降、フリーウェア）